หัวใจสำคัญของระบบแฟรนไชส์จริงๆคือ ค่าสิทธิ และ ค่าการตลาด ค่าใช้จ่าย 2 อย่างนี้ เท่าที่เห็นส่วนใหญ่จะเก็บกันเป็นรายเดือน จ่ายต้องจ่ายค่าตอบแทนอย่างต่อเนื่อง แต่ก็มีรูปแบบที่แตกต่างไปบ้างเหมือนกันตามสัดส่วนของผลการดำเนินงานในธุรกิจแฟรนไชส์นั้น ๆ บางเจ้าเรียกเก็บเป็นเปอร์เซนต์ต่อเดือนเดือน หรือคำนวนจากยอดขายทั้งหมดโดยคิดเป็นเปอร์เซนต์ต่อปี

ถ้าแฟรนไชส์ซีขายดี ค่าสิทธิ์ก็เยอะ ถ้าขายไม่ดี ค่าสิทธิ์ก็หดตามไปด้วย โดยวิธีนี้แฟรนไชส์ซอร์อาจจะมีปัญหา ที่ต้องคอยตรวจสอบยอดขายของแฟรนไชส์ซี ระบบควบคุมยอดขายเป็นระบบที่จำเป็น

ดังนั้น สิ่งสำคัญในการที่ทำให้เก็บ Royalty Fee

จึงจำเป็นต้องยึดหลักให้ทั้งสองฝ่ายอยู่รอดได้ ธุรกิจแฟรนไชส์ไหนทำยอดขายและรายได้มาก ก็สามารถคิดค่า Royalty Fee สูงได้ แต่ไม่เกิน 3-5% แต่ถ้าแฟรนไชส์ไหนได้กำไรจากการขายสินค้าและวัตถุดิบ ก็ไม่ควรคิดค่า Royalty Fee แต่ควรที่จะเก็บค่าสิทธิเป็นรายปีต่อๆไป